Rin continúa con su entrenamiento en su búsqueda por vengar la muerte de sus padres con la ayuda de Manji, el samurái inmortal. Sin embargo, ella aún es muy débil y no tiene la destreza suficiente con la espada, mientras que los enemigos continúan apareciendo y son cada vez más letales. En esta oportunidad Rin y Manji quedan en medio de una guerra de organizaciones, sin saber a quién apoyar o a quién enfrentarse, sin embargo deciden aliarse con los recién llegados, quienes parecen tener las mismas motivaciones que ellos...