La humanidad se convierte en piedra en un abrir y cerrar de ojos. Taiju Oki, un alumno de bachillerato grande y fuerte, y su amigo Senku, un científico de mente ilustre, reviven y se marcan como objetivo construir una civilización desde cero. Tras revivir a Yuzuriha, nuestros protagonistas se ponen manos a la obra para detener la masacre de Tsukasa y deciden dirigirse a Hakone con el objetivo de producir pólvora para combatir. Una vez allí, avistan señales de humo a lo lejos y Senku decide correr el riesgo de responder.