Pain vive y Jiraiya necesita desesperadamente conocer la verdad detrás de sus múltiples rostros, aunque pierda la vida en ello. Mientras tanto, Naruto y los ninjas de Konoha deben derrotar a Tobi, el nuevo “Madara Uchiha”, si desean encontrar a Sasuke; pero Itachi ha preparado todo para enfrentarse a su hermano y revelarle la verdad acerca de la muerte de sus padres y el terrible secreto del Mangekyo.